流域环境综合治理是一个艰巨而长远的过程，目前，长江流域综合治理面临以下难题：一是尚未形成统一联动的体制机制，部门、地区各自为政的现象比较突出。二是监督机制不健全，有关生态环境的专项法律法规尚不完善，三是区域性、复合型大气污染防治机制不健全。四是跨界水污染纠纷协调机制不力。

　　建议从增进文化共识、培育共荣利益以及构建信任平台奠定参与基础着眼，从健全完善政府间的协同机制、运行机制、评估问责机制、激励机制等入手，探索构建长江流域综合治理体系。

　　一、建立协同管理制度。

　　二、充分发挥市场作用。

　　三、建立生态环境补偿机制。

　　四、建立负面清单模式。

　　五、加强法制建设。